La chiesa, di impianto precedente al Seicento, fu completamente ricostruita su progetto di Giovan Battista Cavagna tra il 1574 e d il 1589, rispettando in pieno i dettami controriformati, demolendo le strutture primitive e causando la perdita di tutte le vestigia bizantine. La chiesa era secondo il rito orientale al centro del convento e Cavagna la ricostruì con accesso sulla strada, a navata unica, rettangolare con profonde cappelle laterali, e abside a terminazione piatta coperta da cupola. Nella chiesa si entra oltrepassando l’oscuro atrio, la cui funzione è unicamente quella di reggere il piano del coro, ed una grande porta d’ingresso di legno intagliato ad altorilievo con figure di San Lorenzo, Santo Stefano e degli Evangelisti, pregevole lavoro della fine del ‘500 di manifattura napoletana.
Entrando la prima sensazione è di stupore per la ricchezza decorativa dell’insieme e subito lo sguardo si perde nella visione dello straordinario soffitto, intagliato e dorato. Ma a suscitare un senso di stupita ammirazione sono soprattutto gli affreschi che Luca Giordano compì tra il 1671 ed il 1684 attuando la decorazione della chiesa attraverso un racconto unitario composto da ben cinquantadue episodi, portato a compimento con una tecnica prodigiosa. Ma la profusione di oro, le decorazioni opulente e leggere insieme, che ancora oggi colpiscono il visitatore è l’abbellimento settecentesco che fu realizzato senza risparmio di mezzi e con grande perizia da schiere di marmorari, stuccatori e ottonari abilissimi e in linea con la più squisita tradizione artigiana del barocco napoletano. La cappella dedicata a San Gregorio e decorata da marmi ideati da Cosimo Fanzago conserva le due celebri tele di Francesco Fracanzano del 1635, tra i massimi raggiungimenti di tutta la pittura napoletana del Seicento.